ENCODE + modENCODE + modERN | 人、果蝇、线虫转录因子ChIP-seq数据整合分析ncRNA【视频】
果蝇、线虫作为模式生物自有它的优点，基因组小，遗传操作方便，能in vivo研究分子功能和调控机制。2017年诺奖再次花落果蝇家。
第四届中国果蝇生物学大会将于2017年10月20日-22日在复旦大学江湾校区举行，国内搞果蝇的小伙伴儿都去参加，没有注册费，还有免费午餐！点击左下角”阅读原文“查看大会详情。
果蝇基因组小，基因组研究得清楚，因此，发明新的高通量实验技术往往先用果蝇试水，又省钱又好分析！然后再做哺乳动物。
ENCODE项目实施的同时，还开展了模式动物的平行项目modERN和modENCODE：
modERN: The model organism encyclopedia of regulatory networks (modERN) project focuses on identification of additional transcription factor binding sites in C. elegans and Drosophila. The goal of the project is to comprehensively map the binding sites for as many factors as possible. This project is ongoing.
modENCODE: The modENCODE consortium identified various elements in the genomes of C. elegans and Drosophila, including transcriptomes, transcription factor binding sites, histone-modifications and the occupancy of histone variants and histone modifying-factors. The consortium completed this work in 2012.
目前modERN有775套数据，ongoing。
modERN包括果蝇和线虫的ChIP-seq数据。果蝇496套ChIP-seq数据全部由Kevin White组产生。ChIP样品和control各248个。包括240个TF，5个发育时期。
这些TF都是加了eGFP标签做的ChIP实验。如果想研究的调控蛋白没有好用的ChIP抗体，可以考虑加标签表达融合蛋白，然后用标签的抗体做ChIP。常见于果蝇、植物等抗体稀少的物种。点击链接查看抗体查询方法：
modERN和modENCODE数据的查询和下载方法与ENCODE相同，点击链接查看详细方法：
Comparative Analysis of Non Coding Transcription using ENCODE and modENCODE data - Joel Rozowsky
https://v.qq.com/txp/iframe/player.html?vid=v0549wwax5k&width=500&height=375&auto=0
以下是部分ppt截图，需要ppt文件就发消息给嘉因小二，长按下图，识别二维码，联系嘉因小二
报告人Joel Rozowsky的google scholar主页
Joel Rozowsky是Mark Gerstein的postdoc
有小伙伴让推荐国外好的生信lab，想去读博。
参与ENCODE项目的lab都挺好。产生data的lab实验牛，分析data的lab分析牛！
有了目标，就像小丫在嘉因生物公众号上追星一样的扒一扒，研究兴趣、文章水平、经费状况、音容笑貌，心里就有数了。例如：ChIRP和ATAC-seq发明人Howard Y Chang讲lncRNA研究的视频
ENCODE相关视频：
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